고가주택에 대한 양도차익을 계산함에 있어 △주택 또는 토지의 보유기간이 서로 다른 경우 △주택 또는 토지 중 어느 하나가 미등기 양도 자산에 해당하는 경우 △주택 또는 토지의 일부만 양도하는 경우에는 해당부분의 양도가액이 전체 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 양도차익을 안분 계산한다. 9억원을 초과하는 양도가액도 전체주택(부수토지 포함)에서 일부 양도하는 부분이 차지하는 비율로 안분 계산한다.

통칙 95-1 [고급주택의 양도차익계산]
1세대 1주택인 고급주택과 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 어느 한쪽이 미등기 양도자산인 경우의 양도차익은 다음과 같이 계산한다.
1. 과세되는 건물부분 양도차익
=(건물부분 양도차익)
                                                                      건물부분양도가액
                                           (9억원)X [ -------------------------------]
                                                                    건물및대지의양도가액합계액
-[(건물부분 양도차익) X ------------------------------------------------]
                                                       건물양도가액
2. 과세되는 대지부분 양도차익
=(대지부분 양도차익)
                                                                       대지부분양도가액
                                             (9억원)X [ -------------------------------]
                                                                 건물및대지의양도가액합계액
-[(대지부분 양도차익) X ------------------------------------------------]
                                                                    대지양도가액

<사례> 토지 보유기간이 10년 이고 건물 보유기간이 5년인 1세대1주택을 14억원(토지 10억원, 건물 4억원)에 양도하였고, 토지 취득가액 5억원, 건물 취득가액 2억원인 경우 과세되는 토지부분 양도차익과 건물부분 양도차익을 계산하면? 1. 과세되는 토지부분 양도차익                                                      10억원                                   9억원 X [---------]                                                      14억원 5억원 - [5억원 X -------------------------] = 178,571,428 원                                      10억원 2. 과세되는 건물부분 양도차익                                                      4억원                                   9억원 X [---------]                                                      14억원 2억원 - [2억원 X -------------------------] = 71,428,571 원                                      4억원