부동산임대업을 신규로 개시한 사업자는 사업장마다 사업의 개시일(임대 개시일)로부터 20일 이내에 부동산의 등기부상 소재지(납세지)를 관할하는 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 등록 신청시 필요한 서류는 사업자등록신청서 1부, 개인의 경우는 주민등록등본 2부, 법인의 경우에는 법인등기부등본 1부, 임대부동산의 등기부등본, 토지대장, 건축물관리대장, 임대개시일 현재의 개별공시지가 확인원 각1부이다. 사업자등록신청을 받은 세무서장은 그 신청내용을 조사하여 사업자의 인적사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록증을 신청일로부터 7일 이내에 신청자에게 교부하게 된다.

부동산을 신축하여 임대업을 하고자 하는 경우에는 건물을 완공하여 임대개시일까지는 일반적으로 장기간이 소요되는 바 부가가치세법에 의하면 사업개시전이라도 사업자등록을 할 수 있으므로 건축허가를 받음과 동시에 사업자등록을 하여 공사도급금액, 건축자재 매입금액 등 건축신축대금 및 건축자재 등 매입금액을 지급할 때 납부한 부가가치세를 환급신청하여 환급받아야 한다.

공사대금 또는 자재대금 중 사업자등록신청전에 지급한 금액에 대한 부가가치세는 등록전 매입세액으로 추후 사업자등록후 이 금액에 대하여 세금계산서를 받더라도 매입세액을 공제 또는 환급받을 수 없으므로 공사대금 지급전 또는 건축자재 등을 매입하기 전에 반드시 사업자등록을 하여 세금계산서를 수취하는 것이 절세의 방안이다.

공사대금에 대하여는 계약금 및 공사대금의 각 부분을 지급하거나 지급하기로 한 날을 세금계산서 작성일로 한 세금계산서를 받아야 하며 건축자재 매입시는 건축자재를 인도받는 날을 세금계산서 작성일로 한 세금계산서를 받아야만 매입세액을 공제 또는 환급받는데 잘못이 없다. 다만, 사업자등록신청 후 교부일까지의 기간(7일 정도)에 매입한 금액에 대하여는 법인의 경우는 대표자 주민등록번호, 개인의 경우는 사업자의 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 교부받으면 매입세액공제가 가능하다.

환급신고는 매월 또는 매 2개월분 다음달 25일까지 신고하거나 예정 또는 확정신고시 환급신고 할 수 있다. 임대할 건물의 신축과 취득은 시설투자에 해당하므로 이와 관련된 환급세액은 신고기한일로부터 15일 이내에 조기환급한다.

여기서 또 한가지 유의할 점은 명의상 공사업자와 실지 공사업자가 다를 경우(건설업법상 일정 규모 이상의 공사는 종합건설업 면허를 가진 자만이 할 수 있다)에는 실지 공사업자로부터 세금계산서를 받아야만 매입세액공제가 가능하고 명의상 공사업자로부터 받은 매입세액은 공제 또는 환급받지 못할 가능성이 있으므로 이 점 특히 유의하여야 한다.