부동산 양도에 따른 양도소득세 계산시 양도차익(양도가액- 취득가액)은 국세청장 또는 건설교통부장관이 고시한 기준시가 또는 공시가격에 의하는 것이 원칙이다. 그러나 투기지역에 소재하는 부동산, 취득일로부터 1년 이내에 양도하는 부동산 등 소득세법 제96조 제1항 각호에 규정하고 있는 거래의 경우는 실지거래가액으로 양도차익을 계산한다.

양도차익을 실지거래가액으로 계산할 경우 양도가액과 취득가액은 양도자가 부동산을 취득자에게 양도하고 그 대가로 받은 금전 등이다. 이 금액은 매매계약서, 온라인송금영수증 등 당사자간에 작성된 제반 증빙서류에 의하여 확인될수 있는 금액이다. 올해부터 부동산거래시 당사자간 매매금액을 확실히 하기 위해서 양도소득세 과세표준과 세액신고시 취득자의 인감도장을 날인하고 인감증명서를 첨부한 매매계약서를 제출하도록 소득세법이 개정됐음을 유의해야 한다.

양도는 최근에 일어난 일이므로 양도가액을 증명하는 증빙서류를 갖추는데는 문제가 없을 것이다. 그러나 취득이 오래 전에 이루어진 경우 취득시 계약서 또는 대금지급관련 서류를 보관하지 않고 있어 취득가액을 입증하기가 어려운 경우가 있을 수 있다. 또 취득 당시에는 취득세. 등록세 등 거래세를 줄이기 위해 시.군.구 지자체에 제출하는 검인계약서를 실지거래가액과 상관없이 ＇다운계약서＇를 작성하는 것이 일반화 돼 있기도 했다. 그러므로 과세관청도 실지거래금액을 파악하기가 어렵게 돼 있다.
이 경우 부득이 양도가액을 기준으로 양도시 기준시가와 취득시 기준시가 비율로 취득가액을 환산하는 방법을 쓸 수 있다. 예를 들어 실지 양도가액이 1억원이고 양도시기준시가가 7천만원, 취득시 기준기가가 3천5백만원인 경우 취득기액은 5천만원(1억원*3천5백만원/7천만원)이 되는 것이다.

그런데 양도가액을 기준으로 취득가액을 환산하는 방법은 과세관청이 양도소득세 무신고자 또는 신고불성실자에 대해 양도소득세를 결정하거나 경정할 때 사용하는 방법이지 납세자가 양도소득세 신고시 소득세법상 사용할 수 있는 방법이 아니다. 그러므로 납세자가 신고시 환산방법으로 취득가액을 계산한 경우 신고후 과세관청으로부터 양도소득세 경정조사를 받을 가능성이 높아지는 것이다. 다만 , 납세자가 취득한지 5년이상이 된 부동산을 양도한 경우로서 취득가액을 알 수 없는 때에는 양도가액을 기준으로 취득가액을 환산할 수 있는 법 개정을 정치권에서 추진 중에 있는 것으로 알려지고 있다.

내년부터는 모든 부동산 양도에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 계산해야 한다. 그러므로 부동산 취득시에는 취득가액에 관련된 증빙서류, 중개수수료, 보유기간 중 발코니확장 등 부동산을 개량하기 위해 지출된 비용 영수증을 잘 갖춰 두는 것이 절세방안이다. 매매대금과 비용을 지불할 때에는 은행을 통해 상대방 계좌로 송금하고 온라인송금영수증을 가지고 있는 것이 최선의 방법이다.