국세청은 무허가주택 소유자가 시유지인 부수 토지를 불하받은 후에 주택재개발사업에 따라 아파트입주권을 배정받고 3년 미만 보유하다가 양도한 경우에는 아파트입주권에 부수되는 토지로 보아 1세대1주택 비과세에 해당된다고 밝혔다.
A씨는 1994년 2월 서울 소재 주택을 취득한 후 관리처분계획에 따라 2001년 10월 구청 소유의 주택 부수 토지를 20년 장기연불조건으로 불하받은 뒤, 주택과 부수 토지를 재개발조합에 제공하고 취득한 아파트입주권을 2003년 9월 B씨에게 양도했다.
이에 대해 관할세무서에서 기존주택은 1세대1주택으로 비과세하고 부수 토지는 3년 미만 보유했으므로 양도소득세를 부과하자 A씨는 국세청에 심사청구를 했다.
국세청은 주택 및 부수 토지를 재개발조합에 제공하고 취득한 아파트 입주권은 관리처분계획인가를 받은 이후부터 부동산을 취득할 수 있는 권리로 변환되기 때문에, 3년 이상 보유여부를 따지지 않고 아파트입주권의 1세대1주택 비과세 해당여부를 판단해야 된다고 결정했다.
한편, 소득세법시행령 제155조는 주택재개발·재건축조합원이 관리처분계획인가일(또는 사업시행인가일, 기존주택 철거일) 현재 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 기존주택을 조합에 제공하고 취득한 입주권을 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우는 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있다.