중소기업을 퇴사한 A씨는 도매업을 직접 경영하기로 결정하고 2004. 9. 1 사업을 개시하였다. 하지만, 사업 초기 바쁜 일들로 인하여 2004. 10. 25에서야 사업자등록을 하기 위해 세무서를 찾아간 A씨는 세무공무원으로부터 사업자등록신청을 늦게 신고하였다는 얘기를 들었다. 그때서야 신규로 사업을 개시하는 경우에는 사업개시일로부터 20일 이내에 사업자등록을 신청하여야 하며, 그렇게 하지 않는 경우에는 다음과 같은 불이익이 있다는 것을 알았다(A씨의 경우 → 2004. 10. 25전 매입세액 : 15백만원, 2004년 2기 과세기간 중 공급가액 : 2억원).

1. 매입세액불공제
- 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 불공제(단, 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것은 제외)
- A사장의 경우 : 2004. 10. 4 이전 매입세액 15백만원은 매입세액불공제됨.

2. 미등록가산세
- [사업개시일로부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액] × 1%
- A사장의 경우 : 사업개시일(2004. 9. 1)로부터 20일 이내에 사업자등록을 신청하지 않고 예정신고기간을 경과한 2004. 10. 25에 사업자등록신청을 한 경우에 미등록가산세 200만원(2억원의 1%)을 납부하여야 함.

3. 질서벌로 처벌
부가가치세법에 의한 사업자등록 또는 그 등록정정의 신청을 하지 아니한 자는 50만원 이하의 벌금 또는 과료처분을 받을 수도 있다(조세범처벌법 §13. 13호).

한편, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 사업자등록을 할 수 있다. 다만, 이 경우 정상적으로 매입세액을 공제받기 위해서는 사업개시 전 최초 투자일로부터 20일 이내에 사업자등록을 신청하여야 함에 유의하여야 한다.