소득세와 법인세에 10% 세율을 적용해 ‘부가세(附加稅, Sur-tax))’ 방식으로 부과되던 소득할 주민세의 부과방식이 2014년부터 납세의무자․과세대상․과세표준․세율 등 과세요건을 별도로 정하는 ‘독립세(獨立稅)’ 방식의 지방소득세로 바뀌었다. 지자체의 ‘과세자주권’ 확보로 지방세 세수를 늘리는 데 목적이 있다. 그런데 현재 지자체의 지방소득세 세무조사권과 중앙정부의 소득세 또는 법인세 세무조사권 간에 충돌 문제가 쟁점으로 부각돼 있다. 세금 부과를 전제로 한 세무조사는 납세자의 권익과 직결돼 있다. 엄격한 적법성어 요구된다.

소득할 주민세가 지방소득세로 바뀐 후에도 납세자의 세 부담에 영향을 미치는 과세요건 은 크게 달라진 게 없다. 다만, 법인세법상 세액공제와 세액감면이 독립세로 전환되면서 새로이 과세대상에 포함된 것, 단 한 가지가 다를 뿐이다. 반면에 신고서류가 1가지에서 12가지로 대폭 늘어나는 등 납세절차가 복잡하고 까다로워졌다. 납세협력비용만 대폭 늘어났다. 세금 부과 체계와 납세 편의 측면에서 소득할 주민세의 지방소득세로의 전환은 비정상적이고 지엽적이다. 이런 무늬만 독립세인 지방소득세를 가지고 지방정부의 과세자주권을 확보하고 세수를 늘릴 수 있을지 의심스럽다.

행정자치부가 지방세무사제도를 도입하기 위해 무리하게 지방소득세의 독립세화를 추진했다는 시각도 있다. 형식적으로 신고서류 몇 가지를 늘리고 신고 절차를 어렵게 만든다고 해서 지방세무사제도가 필요한 게 아니다. 세금계산의 핵심인 지방소득세 과세표준을 국세에서 차용해 오는 현행 지방세법 하에서는 지방세무사제도 도입의 필요성을 인정하기 어렵다.
지방소득세 세무조사권의 문제점은 이중과세와 연관돼 있다. 현행 세법상 소득을 과세대상으로 하는 소득세 부과권과 세무조사권은 일차적으로 중앙정부(국세청)가 가지고 있다. 여기에 지방정부(지자체)가 소득을 과세대상으로 하는 지방소득세제의 도입으로 ‘이중과세’와 ‘중복 세무조사’ 논란을 불러일으켰다. 예건대 A법인의 2016 사업연도소득에 대한 소득세 부과권과 세무조사권을 중앙정부와 지방정부가 중복으로 갖게 된 것이다.

국가가 동일 납세자의 동일 소득에 중앙정부와 지자체 명의로 사실상 동일 세목(소득세, 지방소득세)의 부과권을 이중 행사함에 따른 위법성은 사법 판단을 받아봐야 할 사안이다. 조세원칙과 조세이론에 비춰볼 때 이중과세에 해당돼 위법 가능성이 높아 보인다. 이에 따라 지지체의 지방소득세 세무조사권 행사는 당연히 중복 세무조사에 해당한다.

지방소득세로 인한 이중과세와 중복세무조사로 근로소득자, 자영업자, 중소기업 등 광범위한 납세자의 권익이 침해되고 있는데도 관심을 보이는 정부 당국자와 국회의원이 없어 안타깝다. 현재 정부와 국회 기능이 제대로 작동하지 않고 있지만 우선 올해 예산국회에서 지방세기본법에 지방소득세의 세무조사권을 배제하는 조항을 신설해 중복 세무조사로 인한 추가 세 부담과 국민 불안감부터 해소해 주기 바란다. 하지만 지방소득세 도입으로 발생하는 ‘이중과세’와 ‘중복 세무조사’의 두 가지 문제점은 독립세화한 지방소득세를 종전과 같이 부가세 방식의 소득할 주민세로 환원해야 근본적으로 해결된다.